Mặc dù trước đó từng ủng hộ hoàng gia, Nghị viện Kiêu ngạo bị xa lánh bởi những cuộc chiến tranh của nhà vua và chính sách tôn giáo những năm 1670. Năm 1672, Charles thông qua Tuyên ngôn Hoàng gia Indulgence, khi đó ông có ý định đình chỉ tất cả hình phạt chống lại người Công giáo và người Tân giáo bất đồng chính kiến. Trong cùng năm, ông công khai ủng hộ phe Công giáo Pháp và tiến hành Chiến tranh Anh-Hà Lan lần thứ ba.[45]

Nghị viện Kiêu ngạo chống lại Tuyên ngôn Indulgence bằng cách dẫn Hiến pháp và tuyên bố rằng quốc vương không có quyền đình chỉ các đạo luật được thông qua bởi Quốc hội. Charles rút lại tuyên bố, và cũng đồng ý với Đạo luật Kiểm tra, theo đó yêu cầu các quan chức phải nhận các bí tích dưới các hình thức quy định của Giáo hội Anh,[46] cũng như về sau buộc họ phải tố cáo những giáo lý của Giáo hội Công giáo như "mê tín và sùng bái".[47] Clifford, người đã cải sang đạo Thiên Chúa, từ chức thay vì đọc lời tuyên thệ, và tự vẫn không lâu sau đó. Trước năm 1674 do nước Anh chả thu được gì từ cuộc chiến với Hà Lan, và Nghị viện Kiêu ngạo từ chối cung cấp tài chính, buộc Charles phải lập lại hòa bình. Quyền lực của Cabal bị suy yếu và người thay vào chỗ của Clifford, Lãnh chúa Danby, ngày càng có nhiều quyền lực.

Vợ của Charles tức Hoàng hậu Catherine không thể sinh ra người kế tự; bốn lần mang thai của bà đều thất bại với những lần sẩy thai và thai chết lưu năm 1662, tháng 2 1666, tháng 5 1668 và tháng 6 1669.[1] Người thừa kế trên danh nghĩa của Charles là người em trai Công giáo bị mất lòng dân, James, Quận công xứ York. Một phần để làm dịu những lo ngại của công chúng khi hoàng gia quá thân thiện với Công giáo, Charles đồng ý hôn sự giữa con gái của James, Mary, với một người Tin Lành, William xứ Orange.[48] Năm 1678, Titus Oates, một thầy tu Anh giáo và dòng Tên, đã cảnh báo một cách giả dối vềa "Âm mưu của Giáo hoàng" nhằm ám sát nhà vua, thậm chí cáo buộc hoàng hậu có nhúng tay vào. Charles không tin những lời cáo buộc, nhưng lệnh cho Lãnh chúa Danby diều tra. Trong khi Lãnh chúa Danby đã đúng khi hoài nghi về những tuyên bố của Oates, Nghị viện Kiêu ngạo làm tình hình tồi tệ hơn.[49] Nhiều người đã bị bắt giữ khi xích động chống đạo Thiên Chúa;[50] thẩm phán và bồi đoán trên khắp đất nước xử phạt những kẻ mà họ cho là mang âm mưu; nhiều người vô tội đã bị xử tử.[51]

Cuối năm 1678, Lãnh chúa bị Hạ viện luận tội phản quốc. Mặc dù phần lớn đất nước ủng hộ cuộc chiến tranh nước Pháp Công giáo, Charles bí mật đàm phán với Louis XIV, nhằm đạt một thỏa thuận, theo đó nước Anh sẽ giữ thế trung lập và đổi lại là tiền. Lãnh chúa Danby công khai tuyên xưng ông thù địch Pháp quốc, nhưng đồng ý tuân theo ý định của Charles. Không may cho ông, Hạ viện không xem ông là một người bị lôi kéo vào vụ bê bối, mà xem ông như kẻ chủ mưu giật dây. Để cứu Lãnh chúa Danby khỏi bị xét xử, Charles giải tán Nghị viện Kiêu ngạo vào tháng 1 năm 1679.[52]

Tân Nghị viện, họp vào tháng 3 cùng năm, có vẻ khá thù địch với Charles. Nhiều thành viên sợ rằng ông đang có ý định sử dụng quân đội để đàn áp những người trái ý và áp đặt đạo Thiên Chúa. Tuy nhiên, do Quốc hội không cung cấp đủ tiền bạc, Charles buộc phải giải tán dần quân đội của mình. Không có được sự ủng hộ của Nghị viện, Lãnh chúa Danby từ chức Tổng Thủ quỹ, nhưng sự xá tội từ quốc vương. Bất chấp ý của hoàng gia, Hạ viện tuyên bố rằng việc giải thể quốc hội không làm gián đoạn quá trình luận tội, và do đó sự ân xá là không hợp lý. Khi Thượng viện cố gắng áp đặt hình phạt lưu đày - mà Hạ viện cho là quá dễ dãi - việc luận tội đã trở thành vấn đề bế tắc giữa lưỡng viện. Vì bị ép buộc rất nhiều lần trong suốt thời kì trị vì, Charles phải xuống nước với những người chống đối, tống giam Lãnh chúa Danby vào Tháp London. Lãnh Danby bị cấm cố ở đó suốt năm năm.[53]